Nordjobbs opstart fandt sted i 1985 på initiativ af "Den nordiske økonomiske samarbejdsgruppe". Gruppens opgave var at gennemgå det økonomiske samarbejde i Norden, samt foreslå forskellige tiltag som kunne øge væksten og fremme investeringer på tværs af grænserne.
Gruppen bestod af:
- Pehr G. Gyllenhammar (formand), Volvo
- Ulf Sundqvist, Finlands Arbetarsparbank
- Percy Barnevik, ASEA
- Sören Mannheimer, Göteborgs kommun
- Tor Aakvaag, Norsk Hydro
- Tor Moursund, Kreditkassen
- Kari Kairamo, Nokia
- Poul Svanholm, De Førenede Bryggerier
- Georg Poulsen, Metallforbundet
- Erlendur Einarsson, Kooperationen
I løbet af 1985 blev Nordjobb organiseret af et konsulentfirma i Stockholm, ved navn AB Samhällsrådet. Foreningerne Norden medvirkede i fritidsaktiviteter i bl.a. Stockholm, Helsingfors og Göteborg. I alt deltog godt 1.000 unge i projektet Nordjobb, det første år. Projektet blev evalueret i efteråret 1985 og i denne forbindelse drøftede man den fremtidige organisationsform. Det blev besluttet, at der skulle dannes en stiftelse med Foreningerne Norden og Stiftelsen for Industriudveksling som parter og med Nordisk ministerråd som observatør i bestyrelsen. Den 1. december 1985 overtog Stiftelsen Nordjobb ansvaret for projektet med landsforeningerne som operatører.
I første omgang blev Nordjobb finansieret med midler indsamlet fra erhvervslivet, som hovedsageligt kom fra de virksomheder, der var repræsenteret i samarbejdsgruppen. Herefter fik projektet en mere permanent karakter, hvor bidraget fra Nordisk Ministerråd blev øget og i 1989 blev Stiftelsen Nordjobb afviklet. Nordisk Ministerråd garanterede projektets basisfinansiering, og administrationen af projektet blev overført til Foreningerne Nordens Forbund. Nordjobb modtog dog fortsat bidrag fra erhvervslivet, bilaterale fonde og nationale myndigheder.
I 2003 oprettede Nordjobb et nordisk sekretariat, som var placeret i Stockholm. Sekretariatet havde en overordnet projektleder og en informatør. I 2004 blev sekretariatet flyttet sammen med Foreningerne Nordens Forbund til Malmø, indtil I 2012 hvor det blev flyttet til København.
I de senere år er Nordjobb begyndt at arbejde som en bredere virksomhed med mere differentieret finansiering, bl.a. har man drevet arbejdsmarkedsprojekterne Jobbresan og Nordisk Jobstart+, som har hjulpet arbejdsløse unge i arbejde. Dette er sket ud fra den definerede mission "øge mobiliteten på det nordiske arbejdsmarked".